在《X档案：征服未来》中，观众被带入了两个独立但相互关联的故事中。第一个故事发生在加拿大，主角是一位名叫约翰·杜达的FBI特工，他被指派去调查一个神秘的杀人案件。这个案件似乎与一些高科技公司有关，而这些公司正在进行一项名为“X档案”的秘密计划。

在调查过程中，约翰遇到了一个神秘女子凯伦，她似乎知道一些关于这个案件的秘密。约翰开始与凯伦合作，他们一起揭开了这个案件背后的真相，发现了一个涉及政府阴谋和外星生命的秘密计划。

在第二个故事中，约翰和凯伦被带到了一个偏远的加拿大小镇，那里发生了一起神秘的失踪事件。他们发现这个小镇上的居民似乎都知道一些事情，但就是不愿意说出来。

经过调查，约翰和凯伦发现这个小镇上的居民们正在守护着一个古老的秘密，这个秘密与外星生命有关，也与“X档案”计划有关。最终，约翰和凯伦揭开了这个秘密，并成功地解决了这个案件。