在动漫《穿越时空的少女》中，主角是一位名叫绀野真琴的17岁高中女生。真琴在一次偶然的机会中获得了穿越时空的能力，她的生活因此发生了翻天覆地的变化。

真琴经常使用这种能力去解决生活中的小烦恼，比如考试不及格、吃错东西等。然而，每次穿越都会带来意想不到的后果，她不得不再次穿越去修正这些错误。在这个过程中，真琴逐渐意识到每一个选择都有其深远的影响，她开始更加珍惜当下的生活。

同时，真琴和她的朋友们也面临着成长的烦恼和人生的选择。在经历了一系列的事件后，真琴逐渐明白了友情、爱情和亲情的真谛，也学会了如何去面对生活的困难和挑战。最终，真琴用她的力量帮助了身边的人，也找到了自己生活的方向和价值。