《史前巨鳄》的剧情发生在美国缅因州的一个古老湖泊。原本平静的湖水突然被一系列神秘死亡事件打破，受害者身上都留下了巨大的动物齿印。古生物学家凯莉·斯科特听闻后，决定亲自前往调查。她发现这些死亡事件似乎与湖泊中隐藏的某种巨大生物有关。

随着调查的深入，凯莉与湖泊管理员杰克、警长汉克等人组成了一个调查小组。他们潜入湖底，最终发现了隐藏在湖水下的真相——一只异常凶猛、体型庞大的史前巨鳄。这只巨鳄不仅袭击了人类，还摧毁了湖边的船只和设施。

为了阻止巨鳄继续肆虐，调查小组制定了一系列计划，最终成功地将巨鳄制服。然而，这次经历也让人们意识到，自然界中还有许多未知的生物和危险等待着人类去探索和挑战。