《达·芬奇的恶魔 第三季》的剧情发生在文艺复兴时期的意大利佛罗伦萨，此时的莱昂纳多·达·芬奇正值青年，他不仅是才华横溢的艺术家和工匠，更是一个充满冒险精神的探索者。

在第三季中，达·芬奇接受了佛罗伦萨共和国执政官洛伦佐的委托，制造了令人惊叹的复活节庆典装置，并因此晋升为军事工程师。然而，他的生活并非只有艺术和科学，他还与洛伦佐的情妇卢克蕾齐娅·多纳蒂发展出了一段秘密的恋情。

此外，达·芬奇还接到了一个神秘的任务——寻找一本被称为《叶之书》的神秘书籍。这本书似乎隐藏着巨大的秘密，不仅吸引了达·芬奇，也引来了教皇的侄子吉罗拉莫·里亚里奥伯爵的注意。两人之间的较量，以及达·芬奇为了保护这本书而展开的冒险，构成了这一季的主要剧情。整个故事充满了对文艺复兴时期历史的深入挖掘和想象，为观众呈现了一个不同于传统印象中的达·芬奇形象。