《东北剿匪记》的剧情发生在20世纪40年代末的东北大地。此时，国共内战正酣，东北平原上土匪横行。猛虎连长杨剑锋被上级调派至牡丹江地区，深入匪巢进行剿匪任务。他巧妙打入敌巢，获得土匪司令张东山的信任，并在匪巢内部逐渐发现了土匪背后的抗日背景。

在剿匪过程中，杨剑锋遇到了张东山的女儿丹娘，一个充满正义感却误入歧途的女子。经过一系列斗智斗勇，杨剑锋不仅揭露了土匪的真实身份，还成功感化了丹娘，使她认识到自己的错误，并带领土匪下山接受解放军改编。

在杨剑锋和政委吴慎之等人的努力下，原本为匪的抗日武装被正确引导，走向了光明的道路。最终，他们一起开赴新战场，为肃清牡丹江地区的匪患做出了重要贡献。整个剧情紧张刺激，充满了正义与邪恶的较量，展现了共产党人在艰苦环境中不屈不挠、顽强奋斗的精神风貌。